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苹果6s新来的短信不在最上面，可能是由于以下原因导致的。
1、短信排序方式发生变化：苹果设备的短信应用可能会根据特定的排序方式（如按照时间、联系人等）来排列短信，如果排序方式被更改，新接收的短信可能不会直接显示在顶部，可以打开短信应用，检查并调整排序设置，确保按照正确的方式排列短信。
2、短信被其他消息覆盖：如果设备接收了大量的短信或通知，新接收的短信可能会被其他消息暂时遮挡或覆盖，导致无法直接看到，可以滑动屏幕或向下滚动列表来查找最新的短信。
3、应用或系统缓存问题：有时，设备的应用或系统缓存可能会导致显示异常，尝试关闭并重新打开短信应用，或重新启动设备，看看问题是否得到解决。
4、软件错误或bug：在某些情况下，操作系统的软件错误或bug可能导致短信显示不正常，可以检查设备的软件版本，并确保运行的是最新的iOS版本，如有需要，可以尝试进行系统重置或更新操作系统。
如果以上方法均无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求进一步的技术支持。